Nhiệm vụ của Tuần duyên Nhật Bản là đảm bảo an ninh và trật tự trên biển, thông qua các công tác sau:

• Tuần tra trên biển - Chống nhập cư bất hợp pháp, buôn lậu - Chống cướp biển - Chống khủng bố - An ninh trật tự hàng hải - Giám sát hoạt động tàu cá bất hợp pháp nước ngoài - Chống tàu gián điệp - Xử lý các tàu khảo sát bất hợp pháp nước ngoài - Tuần tra các vùng biển có tranh chấp
• Tìm kiếm cứu nạn
• Khảo sát thủy văn và hải dương học
• Quản lý giao thông hàng hải